Oulujärvi jakaantuu kolmeen pääselkään: Ärjän-, Niskan- ja Paltaselkään. Ärjänselkä ja Niskanselkä ovat maisemiltaan hyvin merellisiä. Ne ovatkin Suomen suurimpia sisävesilakeuksia, kun taas Paltaselkä on lukuisine saarineen ja lahdelmineen varsin tyypillinen suomalainen järvenselkä ja muistuttaa monia Saimaan vesialueita. Monimuotoisuus on yksi Oulujärven vahvuuksista.